2009 - Haga si presenta sul circuito tedesco guarito dai problemi alla spalle seguiti alla caduta di Donington e mette a segno la pole, per la prima volta nella stagione davanti a Spies, relegato in quinta posizione.

La prima partenza viene annullata a causa di un grosso incidente alla prima curva, al nuovo start Haga riesce a mantenere il comando davanti a Corser, Spies e Rea.
Nei passaggi successivi Haga riesce a mantenere un piccolo vantaggio grazie alla lotta che impegna Spies e Rea alle sue spalle, mentre Corser scivola indietro. Spies riesce a sbarazzarsi di Rea dopo sei giri e dopo quattro passaggi annulla il gap dal giapponese. L'americano va in testa all'undicesimo giro, Haga resiste e prova successivamente a riprendere il comando alla prima staccata, ma i suoi tentativi sono infruttuosi: al diciassettesimo giro rischia il contatto, mentre al passaggio successivo finisce largo. Al penultimo giro Spies accelera decisamente, staccando Haga, che deve accontentarsi del secondo posto.

In gara 2 il cielo coperto e le temperature più basse bilanciano le prestazioni in modo diverso, sin dal via: Haga prende il comando davanti a Corser, Checa ed Haslam, mentre Spies scivola in ottava posizione. Nei primi giri Haga si trova sotto attacco da parte dei piloti Honda: il giapponese riesce a mantenere il comando, ma fatica a contenere Rea e Checa, tanto che al quinto giro, all'ennesimo incrociarsi di traiettorie, Jonathan tocca Haga all'uscita della prima curva, causando la caduta di Noriyuki. Rea prende quindi il comando, mentre Checa non riesce a contenere Haslam ed un ritrovato Spies, che lo passano al settimo e nono giro, staccandolo. Spies cerca quindi di liberarsi di Haslam, che resiste oltre i suoi limiti, finendo nella via di fuga alla chicane Veedol, indietreggiando in quarta posizione, passato anche da Checa. Ben riesce quindi a portarsi su Rea, ma non è mai nella condizione di portare un attacco: il secondo posto unito alla caduta di Haga gli consentono di lasciare il Nurburgring per la prima volta in testa al campionato.

2008 - Dopo dieci anni le Superbike ritornano al Nurburgring, scoprendo che le condizioni meteorologiche possono essere estremamente variabili: la pioggia appare di frequente e non aiuta i piloti a prendere confidenza con il tracciato. Si registrano anche numerose cadute, due particolarmente importanti: la prima di Kagayama, frattura della mano destra, costringendolo ad abbandonare il weekend, mentre l'altra vede come protagonista Max Biaggi, nel warm-up. Il pilota italiano patisce una severa concussione al piede sinistro, che lo costringe a prendere parte alle gare in condizioni precarie.

La prima gara è caratterizzata da un duello tra Bayliss ed Haga, che si involano staccando dopo pochi passaggi Neukirchner, Fabrizio e Corser. Bayliss si trova in difficoltà nella prima staccata: commette diversi errori in questo punto, fino a quando, al diciassettesimo giro, finisce nella via di fuga, concedendo ad Haga un vantaggio di quattro secondi, un capitale prezioso che gli consente di vincere in tutta tranquillità.

Gara 2 è un affare privato tra i piloti Yamaha Haga e Corser, avvantaggiati dagli errori di Bayliss, che scivola definitivamente indietro dopo una manciata di passaggi. Neukirchner riesce a mantenere il contatto con i due per otto giri, ma anche lui deve cedere allo strapotere delle due R1 ufficiali. Una volta soli, Corser ed Haga non si risparmiano, scambiandosi di posizione diverse volte. Al sedicesimo giro sembra che Corser riesca ad avere la meglio su Noriyuki, con uno spettacolare sorpasso all'esterno alla prima curva, ma nel corso dello stesso giro comincia a piovere, corsa interrotta e classifica stilata due giri prima dell'interruzione: Haga riesce così ad ottenere la doppietta.